BKS Chemik Bydgoszcz został założony w 1949 roku. W 1951 założono sekcja piłki nożnej. W latach 50. i 60. piłkarze Chemika grali w rozgrywkach regionalnych, w B- lub A-klasie. Awans sportowy zanotowano w połowie lat 70. po budowie stadionu piłkarskiego na Wyżynach wraz z kompleksem boisk treningowych. Drużyna seniorów Chemika była 3-krotnie w sezonach 1979/1980 oraz 199l/1992 i 1992/1993 uczestnikiem rozgrywek II ligi (zaplecza ekstraklasy). Największym sukcesem zespołu było 5. miejsce w II lidze w sezonie 1991/1992. Poza tym grała najczęściej w III lidze, na krótko spadając do IV, bądź V ligi (2012-2015). Równolegle trenowały grupy juniorów i młodzików. W 2016 klub zajmował 124 miejsce w tabeli wszech czasów polskiej I ligi piłkarskiej. W sezonie 2017/2018 drużyna występuje w IV lidze.